ComCERT realizuje usługi modelowania zagrożeń. Jest to ważny pierwszy krok do systemowego zbudowania (lub weryfikacji) struktury cyberbezpieczeństwa w dużym podmiocie. W ostatnim czasie takie usługi ComCERT dostarczył m.in.: dużemu podmiotowi z sektora utility oraz wiodącemu podmiotowi na rynku gier wideo.
